С проникновением ислама начался новый этап исторического развития этих районов. Исламизация Филиппин была частью процесса распространения и утверждения ислама в малайско-индонезийском регионе, начавшегося на рубеже X–XI вв. На Филиппины ислам стал проникать из Индонезии и Малайи, где во второй половине XIII в. мусульманская религия завоевала уже прочные позиции. Сведения о начальном периоде распространения ислама на Филиппинах содержатся в тарсила. Они носят большей частью легендарный характер, но включают и элементы, основанные на исторических фактах. В исследованиях С. А. Махула, проделавшего большую работу по выявлению исторически достоверных данных, впервые воспроизведена общая картина проникновения ислама на Сулу и Минданао и установлены хронологические рамки этапов исламизации.
Первым объектом исламизации стал архипелаг Сулу. В последней четверти XIII в. здесь были основаны торговые фактории и поселения малайских торговцев-мусульман, которые были первыми распространителями новой религии. Возможно, что некоторые из них брали в жены девушек из семей местной знати, а отдельные дато и представители сулуанской феодальной верхушки уже в этот период стали переходить в мусульманскую веру. Во второй половине XIV в. появились мусульманские проповедники и миссионеры из Малайи, прибывшие с Явы, где они также занимались пропагандой мусульманской религии. Именно к этому времени относятся сведения в ранних сулуанских тарсила о посещении архипелага многочисленными макдумами (учеными), проповедовавшими мусульманское вероучение среди местных жителей. Подробно сообщалось о Карим-уль-Макдуме, который появился на Сулу, по-видимому, в 80-х годах XIV в. Известно, что он поселился в Буанса, где находилась резиденция правителя и знати тагимаа, и выстроил там мечеть. Правящая верхушка тагимаа была уже исламизирована, чем и объяснялась восторженная встреча макдума в Буаяса, описанная в источниках.
В начале XV в. в Буанса прибыл некий раджа Багинда, один из мелких правителей минангкабау. Он появился у берегов Холо с большим числом воинов и придворных и был сначала враждебно встречен местными дато и знатью, пытавшимися разгромить и потопить его флот. Однако после разъяснений, что экспедиция имеет миролюбивые цели и участники ее (мусульмане) намерены поселиться в Буанса, ему и его людям было разрешено остаться на острове. Ни один из источников не сообщает имени раджи. Как известно, термин «багинда» индонезийского происхождения, употреблялся на Сулу в смысле «правитель, князь». Не установлено, носил ли этот титул раджа до прибытия в Буанса или стал его обладателем после того, как поселился на Сулу. Известно только, что он женился на дочери одного из местных дато и пользовался в Буанса большим политическим влиянием и властью.
Следующей стадией исламизации Сулу было создание мусульманского султаната в середине XV в. Первым султаном Сулу считается Абу Бакр, принявший на троне мусульманский титул Шариф-уль-Хашим (полный титул включал также и местный традиционный титул — падука). Сведения о его жизни до прибытия на Сулу разноречивы, но во всех сулуанских тарсила указывается на арабское происхождение Абу Бакра, поскольку, согласно мусульманской традиции, султан должен принадлежать к прямым потомкам Пророка или по крайней мере быть выходцем из арабов. Наиболее распространена версия, по которой Абу Бакр в 30-е годы находился при дворе султана Малакки (возможно, был родственником султана), откуда перебрался в Палембанг (Суматра), затем в Бруней. Из Брунея Абу Бакр прибыл в Буанса, где вскоре женился на дочери раджи Багинда, принял титул султана в 1450 г., положив начало новой мусульманской династии на Сулу. Во время правления Абу Бакра, с 1450 по 1480 г., ислам превратился в государственную религию, началось формирование политических и социальных институтов, основанных на исламской традиции и шариате. Столица первого султана находилась в Буанса (при преемниках Абу Бакра она была перенесена в Холо). Территориально султанат объединял княжества Буанса и Холо, расположенные в приморских районах. С созданием султаната ускорился процесс исламизации населения горных территорий о-ва Холо, входивших в состав княжества буранунов.
Исламизация Минданао началась полтора столетия спустя — с середины XV в. К этому времени относятся сведения в местных тарсила о деятельности миссионеров с архипелага Сулу. В начале XVI в. проповедниками ислама на Минданао стали мусульманские эмигранты из Малайи. Известную роль в этом сыграл захват Малакки (1511 г.), в то время крупнейшего центра исламского мира в Юго-Восточной Азии, португальскими колонизаторами. Падение Малакки вызвало массовое бегство жителей, в том числе членов султанской семьи, придворных, знати, торговцев, устремившихся в соседние районы. Возможно, с этой миграцией было связано появление на Минданао шарифа Мухаммеда Кабунгсувана. На лодках морских кочевников-баджао он перебрался в Бруней, а в 1515 г. высадился в местечке Малабанг, на западном побережье Минданао. Согласно существовавшей традиции, шариф занялся распространением ислама в долине Пуланги и вскоре основал султанат, став первым султаном Магинданао. Сведения в ранних тарсила воспроизводят, однако, несколько иное и более сложное развитие событий. Первоначально шарифу, встреченному враждебно местными дато, удалось установить контроль лишь над небольшой территорией в районе Малабанга. В дальнейшем с помощью политических союзов с дато Магинданао и Буайана, подкрепленных его браком с дочерью местного правителя, Кабунгсуван добился усиления своих позиций в долине Пуланги. Но Кабунгсуван не носил титула султана, а был крупным религиозным и влиятельным политическим деятелем.
Создание на Минданао феодальных монархий по типу мусульманских султанатов относится ко второй половине XVI в. В этот период после длительной борьбы с Буайаном на первый план выдвинулось княжество Магинданао. Чтобы укрепить престиж государства, в магинданаоских тарсила конца XVI в. Кабунгсуван изображался первым султаном Магинданао, основателем мусульманской правящей династии. Поэтому считалось, что все султаны Магинданао — прямые потомки Кабунгсувана (по мужской линии), в то время как правящая мусульманская династия Буайана ведет свое происхождение от дочери шарифа, т. е. связана с первым султаном по второстепенной, женской линии. Тем самым обосновывались претензии магинданаоских султанов на главенство как в Магинданао, так и в Буайане.
Процесс исламизации южных районов Филиппин, продолжавшийся в течение трех столетий, в основном закончился на рубеже XVII в. Причина успешного внедрения ислама заключалась в том, что в тот период там уже возникло классовое общество, нуждавшееся в новых, более сложных (сравнительно с раннеклассовыми) формах религии и идеологии. Не случайно новая религия утвердилась в наиболее развитых центрах Сулу и Минданао. Даже на небольшом по площади о-ве Холо мелкие горные племена, находившиеся на стадии родового строя, остались незатронутыми влиянием ислама. К началу XVII в. на Минданао — самом крупном острове Филиппинското архипелага — ислам утвердился только в юго-западном приморском районе. С начала XVII в. правители султаната Магинданао, обеспокоенные появлением на севере испанских конкистадоров, стали отправлять мусульманских проповедников в соседние, неисламизированные районы. В результате в XVII в. были исламизированы маранао — одна из крупных народностей Минданао, — заселявшие район оз. Ланао. Однако пропаганда ислама (равно как и попытки христианизации, предпринимавшиеся испанскими миссионерами) не имела никакого успеха у многочисленных племен внутренних районов Минданао, находившихся на примитивных стадиях развития.
Исламизация Сулу и княжеств Юго-Западного Минданао оказала глубокое воздействие на развитие этого района Филиппин. Одним из важных последствий исламизации был рост связей между этими районами и соседним малайско-индонезийским регионом. Общность религии способствовала укреплению исторически сложившихся культурных, экономических и политических связей. Филиппинские султанаты рассматривались как составная часть всего мусульманского мира (Дар-уль-ислама) и, в более узком смысле, мусульманской общины в Юго-Восточной Азии. Исламизация Сулу и Минданао сопровождалась экономической экспансией индонезийского и малайского торгового капитала, завоевавшего там господствующие позиции. Общность религии и генеалогические связи между представителями правящих династий в филиппинских султанатах и; соседних мусульманских странах содействовали развитию военно-политических, союзнических отношений. С начала испанских колониальных захватов на Филиппинах тесные связи с соседними мусульманскими государствами приобрели первостепенное значение в борьбе народов Юга против колонизаторов.
